国指定重要有形文化財。養老年間（７１７～７２４）に大和の大神神社を勧請して創始したと伝えられ、現在の三輪神社本殿は、永禄５年（１５６２）の火災をまぬがれたという記録や形式技法などから室町時代後期の建立と考えられる。三輪神社本殿の造りは、滋賀県内の室町時代遺構に多く見られるなど地域的に限定される形式で、関東・東北では三輪神社本殿が唯一の遺構、こうした形式の採用やその伝播経路はなぞとなっている。